日本の次世代シーケンシング市場規模、シェア、動向および予測シーケンシング方式、製品タイプ、技術、用途、エンドユーザー、地域別2026年～2034年

日本の次世代シーケンシング市場規模は、2025年に13億2,000万米ドルと評価され、2034年までに80億2,000万米ドルに達すると予測されており、2026年から2034年の予測期間において年平均成長率（CAGR）22.18%を示すと見込まれています。 シーケンシングコストの急速な低下、精密腫瘍学の適用範囲の拡大、および政府主導のゲノムイニシアチブが、日本の次世代シーケンシング市場の成長を牽引している。 2025年には試薬および消耗品が54.2%のシェアで首位を占め、バイオマーカーおよびがん関連アプリケーションが総収益の32.6%を占める見込みです。2025年には関東地方が国内需要の39.1%を占め、市場を牽引しています。

市場概要

2020年から2034年にかけての日本の次世代シーケンシング市場の成長軌跡は、がんゲノム医療プログラム、AMED主導の希少・未診断疾患イニシアティブ、 「バイオバンク・ジャパン」の拡大、および日本の主要病院や研究センターにおけるゲノム1つあたりのシーケンシングコストの急速な低下に支えられています。

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セグメント別のCAGR比較によると、2034年までの日本の次世代シーケンシング市場全体において、バイオマーカーおよびがん関連用途、ならびに試薬・消耗品が最も急速に成長するサブセグメントであることが明らかになっており、一方、従来の農業および動物研究用途はより緩やかなペースで成長しています。

日本の次世代シーケンシング市場は、大きな構造的変革の真っ只中にあります。この市場は、精密腫瘍学の採用急増、国内のゲノム医療プログラムの拡大、そして成熟しつつあるバイオインフォマティクス・エコシステムによって形成されています。 2025年の市場規模は13億2,000万米ドルと評価されており、2020年の4億9,000万米ドルから力強く拡大し、2034年までに年平均成長率（CAGR）22.18%で80億2,000万米ドルに達すると予測されています。

試薬および消耗品は、病院、製薬企業、学術機関のシーケンスワークフロー全般で使用されるライブラリ調製キット、フローセル、プライマー、酵素などの需要に支えられ、2025年には市場収益の54.2%を占める見込みです。 機器は27.6%を占め、イルミナ（Illumina）のNovaSeq、NextSeq、MiSeq、サーモフィッシャー（Thermo Fisher）のIon Torrent、PacBioのRevio、およびオックスフォード・ナノポア（Oxford Nanopore）のプラットフォーム導入が牽引しています。 ソフトウェアおよびサービスは18.2%を占め、バリアントコール、二次・三次解析、およびバイオインフォマティクスサービス契約への需要に牽引されています。

2025年には、東京、横浜、つくばの研究クラスターを中核として、関東地方が39.1%の売上シェアで首位となる見込みです。 ユースケース別では、バイオマーカーおよびがん関連アプリケーションが32.6%を占めており、これは日本におけるがんの高い罹患率と、国民健康保険制度におけるがんゲノム医療の保険適用が成熟していることを反映している。 2034年にかけて、精密腫瘍学の拡大、AMED（医療・健康・労働省）の助成研究、BioBank Japanの成長、AIを活用したバリアント解釈が相まって、日本の次世代シーケンシング市場の展望は極めて堅調である。

主要な市場インサイト

上記データを裏付ける主な分析所見：

• 2025年に試薬および消耗品が市場シェアの54.2%を占める見込みであることは、次世代シーケンシング（NGS）ワークフローの反復的な性質を反映している。ライブラリ調製キット、フローセル、プライマー、および試薬カートリッジは、日本の病院、製薬企業の研究ラボ、および学術ゲノム研究センターにおいて、一貫した需要を生み出している。
• 機器部門の27.6%のシェアは、大学病院、がんセンター、およびCRO（医薬品開発受託機関）におけるシーケンサーの導入状況を反映している。イルミナ社のNovaSeq X、NextSeq 2000、パックバイオ社のRevio、およびオックスフォード・ナノポア社のPromethIONは、日本国内の導入ベースにおけるハイエンド市場を引き続き牽引している。
• ソフトウェアおよびサービス部門の18.2%というシェアは、最も急成長している第2のセグメントである。この需要は、バリアントコールパイプライン、二次・三次バイオインフォマティクス解析、クラウドベースのゲノムデータプラットフォーム、およびMacrogen JapanやBGI Japanなどが提供するシーケンシング受託サービスに起因している。
• バイオマーカーおよびがん関連アプリケーションが 32.6% とトップを占めているのは、日本におけるがんの高い罹患率と、国民健康保険制度の下で包括的なゲノムプロファイリングが保険適用となる臨床ワークフローに組み込まれていることを反映している。Foundation Medicine CDx および OncoGuide NCC Oncopanel が広く利用されている。
• 創薬および個別化医療の24.7%というシェアは、武田薬品工業、アステラス製薬、第一三共、エーザイといった日本の製薬企業が、がんおよび希少疾患のパイプライン全体において、標的同定、バイオマーカー発見、コンパニオン診断薬の開発に次世代シーケンシングを統合していることに後押しされています。
• 関東地方が39.1%を占める地域的な優位性は、東京、横浜、つくばのクラスターによって支えられている。東京大学、理化学研究所横浜研究所、AMED、国立がん研究センター、バイオバンク・ジャパンはいずれもこの地域に集中しており、国内で最も充実した次世代シーケンシングインフラの基盤を支えている。

次世代シーケンシング（NGS）とは、核酸分子の迅速かつ高スループットで費用対効果の高い解析を可能にする、超並列シーケンシング技術を指す。 日本の次世代シーケンシング市場は、イルミナ（Illumina）やサーモフィッシャー（Thermo Fisher）のショートリード・プラットフォーム、パシフィック・バイオサイエンシズ（Pacific Biosciences）やオックスフォード・ナノポア（Oxford Nanopore）のロングリード・プラットフォーム、試薬・消耗品、ソフトウェア・サービス、そして国内外のプロバイダーが提供するエンドツーエンドのシーケンシングサービスに及んでいる。

この業界は、ライフサイエンス研究、臨床診断、および創薬の交差点に位置しています。 マクロ経済および政策面での推進要因としては、厚生労働省が立ち上げた「がんゲノム医療」の枠組み、AMEDが調整する「希少・未診断疾患イニシアティブ」、バイオバンク・ジャパンの生物試料収集の拡大、および国立がんセンター病院による包括的なゲノムプロファイリングにおける主導的役割などが挙げられます。 日本の次世代シーケンシング業界の分析では、過去 10 年間で桁違いに低下した 1 ゲノムあたりのシーケンシングコストの継続的な低下も考慮に入れる必要があります。

市場の推進要因

• 精密腫瘍学の拡大：日本の「がんゲノム医療」の枠組みでは、国民健康保険制度の下で包括的なゲノムプロファイリング検査の費用が償還されます。Foundation Medicine CDx および OncoGuide NCC Oncopanel は、現在、全国の指定がんゲノム医療中核病院における標準的な治療経路に組み込まれています。
• 政府のゲノムイニシアチブ：「希少・未診断疾患イニシアティブ（IRUD）」、BioBank Japan、ゲノムコホートプロジェクトなど、AMEDが資金提供するプログラムにより、全国の研究機関や臨床機関における次世代シーケンシングインフラに持続的な資金が投入されています。
• シーケンスコストの低下：過去10年間で、ゲノム1つあたりのシーケンスコストは桁違いに低下した。イルミナ社のNovaSeq Xやパックバイオ社のRevioといった新しいプラットフォームは、サンプルあたりのコストをさらに削減し、診断、創薬、および集団規模のゲノム解析における実用的なユースケースを拡大している。
• 製薬企業およびCROの需要：武田薬品、アステラス製薬、第一三共、エーザイといった日本の製薬企業は、標的遺伝子の特定、バイオマーカーの発見、コンパニオン診断薬の開発において、次世代シーケンシングの導入を継続的に拡大している。日本市場にサービスを提供する国内外のCROは、これに伴い次世代シーケンシングサービスの提供能力を拡充している。

市場の制約

• 高い設備投資コスト：ハイスループットシーケンサーの導入および関連インフラの整備には、依然として多額の設備投資が必要である。日本国内では、小規模な病院、地方の研究センター、新興バイオテック企業などが、最先端の次世代シーケンシングプラットフォームを導入するにあたり、予算面の障壁に直面し続けている。
• 保険償還の制限：日本の制度下ではがん領域の保険償還は成熟しているものの、がん以外の次世代シーケンシング用途に対する保険適用範囲は依然として不均一である。希少疾患の全ゲノムシーケンシング、多遺伝子リスクスコアリング、出生前スクリーニングについては、依然として保険償還の道筋が限定的である。
• データプライバシーおよび倫理上の懸念：日本の「個人情報の保護に関する法律」およびゲノム・臨床研究に関する倫理指針により、国内で事業を行うすべての次世代シーケンシングサービスプロバイダーは、慎重な同意管理、安全なデータホスティング、および継続的なコンプライアンスへの投資が求められている。

市場機会

• 液体生検およびctDNAに基づく診断：循環腫瘍DNA（ctDNA）検査は、日本で普及しつつある。Foundation Medicine Liquid CDx、Guardant360 CDx、および国内で開発された液体生検アッセイは、日本全国のがんセンターにおいて、治療法の選択や微小残存病変のモニタリングのあり方を変えつつある。
• 集団ゲノミクスおよびロングリードシーケンシング：バイオバンク・ジャパンの拡大する生体試料バンクと、ロングリードのPacBioおよびOxford Nanoporeプラットフォームの採用拡大が相まって、2034年まで次世代集団ゲノミクスおよび構造変異研究を支えています。これは、機器および試薬サプライヤーにとって高利益率の成長分野です。

市場の課題

• 熟練したバイオインフォマティクス人材の不足：有資格のバイオインフォマティシャン、臨床ゲノミスト、変異キュレーション専門家の採用は、依然として構造的な課題である。AMEDや複数の大学が専用の研修プログラムを開始しているが、2025年から2030年にかけても、人材の供給は需要の伸びに追いつかない状況が続くと見込まれる。
• バリアント解釈の標準化：日本の臨床検査室間におけるバリアント分類の一貫性を確保することは、依然として複雑な課題である。ACMG準拠の解釈、AI支援によるアノテーション、およびキュレーション済みナレッジベースへのアクセスを標準化するための全国的な取り組みは進展しているが、2034年まで継続的な投資が必要である。

1. がんに対する包括的ゲノムプロファイリング

Foundation Medicine CDxやOncoGuide NCC Oncopanelなどの包括的ゲノムプロファイリング検査は、現在、日本の指定がんゲノム医療中核病院において標準的なものとなっている。国民健康保険による保険適用範囲の拡大により、2024年から2025年にかけて、検査対象となる患者層は着実に拡大している。

2. ロングリードシーケンシングの導入

2023年以降、PacBio RevioおよびOxford Nanopore PromethIONにより、日本のゲノム研究センターにおけるロングリード次世代シーケンシングの導入が大幅に拡大した。ロングリードシーケンシングは、構造変異の検出、転写アイソフォームの同定、および複雑な疾患のゲノム解析において、ますます活用されている。

3. AIを活用したバリアントコールと解釈

AIおよび機械学習モデルは、バリアントコール、アノテーション、臨床的解釈のあり方を変革しつつある。GoogleのDeepVariant、イルミナ（Illumina）のDRAGEN、および国内で開発されたAIパイプラインといったツールにより、日本の臨床検査室全体で処理時間が短縮され、結果の一貫性が向上している。

4. 液体生検と微小残存病変（MRD）モニタリング

循環腫瘍DNA（ctDNA）検査は、日本において臨床現場での採用が進んでいる。Foundation MedicineのLiquid CDx、Guardant360 CDx、および国内で開発されたリキッドバイオプシー検査は、日本全国のがんセンターにおいて、治療法の選択、MRDモニタリング、および早期再発検出のためにますます活用されている。

5. クラウドベースのゲノミクスおよびフェデレーテッドデータプラットフォーム

AWS HealthOmics、Microsoft Azure Genomics、Illumina Connected Analyticsを含むクラウドベースのゲノミクスプラットフォームは、日本で急速に拡大している。フェデレーテッドデータアーキテクチャ、オンプレミス型ハイブリッドストレージ、およびPMDA準拠のデータレジデンシーフレームワークは、2034年にかけて日本の医療機関がゲノムデータを管理・共有する方法を再構築しつつある。

日本の次世代シーケンシング産業のバリューチェーンは、検体採取からエンドユーザーへの報告に至るまで、6つの統合された段階にまたがっている。各段階には、日本の次世代シーケンシング市場分析全体を形作る、それぞれ異なる利益率、設備投資、および規制上の特徴が見られる。

グローバルなシーケンシング・プラットフォーム・プロバイダーおよび試薬サプライヤーは、規模、知的財産、および継続的な消耗品収益を通じて、最大の戦略的価値を獲得しています。専門サービスプロバイダーは、バイオインフォマティクスの専門知識、PMDA（医薬品医療機器総合機構）への対応、および日本の製薬企業やCROがバイオマーカープログラムを加速させるのに役立つ、臨床試験と次世代シーケンシングの統合サポートを通じて、引き続き差別化を図っています。

ショートリードシーケンシングプラットフォーム

イルミナ社のNovaSeq X、NextSeq 2000、およびMiSeqが、日本におけるハイスループット・ショートリード分野を支配している。 サーモフィッシャーサイエンティフィックのIon Torrentプラットフォームは、ターゲット型臨床シーケンシング用途において引き続き利用されている。これらのショートリードプラットフォームは、日本の各機関における臨床NGS、バイオマーカー発見、および集団規模のゲノミクス研究において、依然として主力となっている。

ロングリードシーケンシングおよび単一細胞技術

PacBio RevioおよびOxford Nanopore PromethIONは、構造変異の検出、全長転写産物の特性解析、およびメチル化解析を目的として、日本の研究機関で急速に普及している。10x Genomicsの単一細胞シーケンシングプラットフォームも、日本の学術機関や製薬企業の研究ワークフローにおいて拡大を続けている。

バイオインフォマティクス、AI変異検出、およびクラウドゲノミクス

バリアントコール、アノテーション、および臨床的解釈は、ますますAIによって支えられています。イルミナ（Illumina）のDRAGEN、Google DeepVariant、GATK、および国内で開発されたAIパイプラインが、日本の研究室で広く利用されています。 AWS HealthOmics、Microsoft Azure Genomics、およびIllumina Connected Analyticsは、日本の研究機関における大規模ゲノムデータの保存、解析、共有のあり方を変革しつつあります。

液体生検およびctDNA技術

循環腫瘍DNA（ctDNA）シーケンシングは、日本国内で拡大を続けています。Foundation Medicine Liquid CDx、Guardant360 CDx、および国内で開発されたリキッドバイオプシー検査は、日本全国のがんセンターにおいて、治療法の選択、微小残存病変のモニタリング、および早期再発の検出に利用されており、2034年まで高い成長が見込まれるフロンティア分野です。

IMARC Groupは、日本の次世代シーケンシング市場の各セグメントにおける主要なトレンドの分析に加え、2026年から2034年までの全国および地域レベルの予測を提供しています。市場は製品タイプおよび用途に基づいて分類されています。

本レポートでは、以下のセグメントを網羅しています：

製品タイプ別

2025年には、試薬および消耗品が54.2%のシェアを占め、日本の次世代シーケンシング市場を牽引する見込みです。このセグメントは、病院、製薬企業、学術機関におけるシーケンシングワークフロー全体で、ライブラリ調製キット、フローセル、プライマー、酵素、試薬カートリッジに対する継続的な需要に支えられています。 イルミナ、サーモフィッシャーサイエンティフィック、ニューイングランドバイオラボ、タカラバイオ、QIAGEN株式会社などのベンダーが、日本の各機関への供給を主導しており、サブスクリプション形式の消耗品契約が予測可能な収益成長を支えている。

機器は売上高の27.6%を占め、大学病院、がんセンター、およびCRO（医薬品開発受託機関）におけるシーケンサーの導入を牽引しています。 イルミナ社の NovaSeq X、NextSeq 2000、MiSeq、サーモフィッシャー社の Ion Torrent、PacBio 社の Revio、およびオックスフォード・ナノポア社の PromethION が、日本におけるハイエンドの導入ベースを支えています。 ソフトウェアおよびサービスは 18.2% を占めており、バリアントコールパイプライン、二次および三次バイオインフォマティクス解析、クラウドベースのゲノムデータプラットフォーム、および Macrogen Japan、BGI Japan、GeneBay、その他の国内および地域のプロバイダーが提供するシーケンスアウトソーシングサービスへの需要が牽引しています。

用途別

2025 年、バイオマーカーおよびがん関連アプリケーションは、売上高の 32.6% を占め、日本の次世代シーケンシング市場を牽引しています。 このセグメントは、日本におけるがんの高い有病率と、国民健康保険制度の下で包括的なゲノムプロファイリングが保険適用となる臨床ワークフローに統合されていることを反映しています。Foundation Medicine CDx および OncoGuide NCC Oncopanel は、日本の指定がんゲノム医療中核病院で広く導入されており、固形がんおよび血液悪性腫瘍の治療選択を支援しています。

創薬および個別化医療は売上高の24.7%を占めており、武田薬品工業、アステラス製薬、第一三共、エーザイなどの日本の製薬企業が、標的同定、バイオマーカー発見、コンパニオン診断薬の開発に次世代シーケンシングを統合していることがその原動力となっている。 遺伝子スクリーニングは16.8%を占めており、保因者スクリーニング、出生前検査、遺伝性疾患パネルによって支えられています。診断分野は13.9%を占めており、感染症検査、ファーマコゲノミクス、および全ゲノムシーケンスやエクソームシーケンスによる希少疾患の診断までの道のりの短縮が牽引しています。 農業・動物研究は7.6%を占め、水産養殖ゲノミクス、家畜育種、農業バイオテクノロジーの応用が中核となっています。「その他」のカテゴリーは4.4%を占め、マイクロバイオーム研究、環境ゲノミクス、法医学的応用が含まれます。

地域別市場動向

2025年には、関東地方が39.1%の収益シェアで首位となる。 東京、横浜、つくばは、東京大学、理化学研究所横浜、AMED、国立がんセンター病院、バイオバンク・ジャパンを中核として、国内で最も次世代シーケンシングインフラが集中している地域である。また、この地域には、日本最大の製薬研究拠点や、がんゲノム医療の中核病院の大部分が集中している。

関西・近畿地域は、大阪、京都、神戸を中核として、国内売上高の18.7%を占めている。京都大学、大阪大学、理研神戸、神戸バイオメディカル・イノベーション・クラスターが、学術界および製薬業界における次世代シーケンシング活動の活発化を支えている。 また、この地域には武田薬品、アステラス製薬、その他の国内企業による重要な医薬品研究開発拠点も立地している。

中部・近畿は、名古屋および広範な愛知県の研究拠点を中核として、国内総生産の 13.4% を占めています。名古屋大学、藤田保健衛生大学、および製造関連の複数のバイオテクノロジー企業が、学術、臨床、産業の各ワークフローにおいて、次世代シーケンシングの着実な導入を推進しています。 九州・沖縄は 9.5% を占めており、九州大学と、福岡を拠点とする成長著しい研究拠点が中核となっています。東北は 6.2% を占めており、東北大学、東北メディカル・メガバンク、および大規模な前向きコホート研究が牽引役となっています。 中国（5.0%）、北海道（4.6%）、四国（3.5%）が地域別の分布を締めくくっており、特に北海道は水産養殖、農業、環境ゲノミクスのワークフローに貢献している。

競争環境

日本の次世代シーケンシング市場の競争環境は、中程度の集中度を示している。イルミナ、サーモフィッシャー、パシフィック・バイオサイエンシズ、オックスフォード・ナノポア、ロシュ・ダイアグノスティックスといったティア1のプラットフォームプロバイダーは、プラットフォームの規模、シーケンシング精度、試薬による継続的な収益、およびPMDA（医薬品医療機器総合機構）による臨床グレードの規制対応において競争している。 MGI TechやQIAGENといった中堅企業は、コスト競争力のあるシステムと、サンプルから知見を得るまでの統合ワークフローによって差別化を図っている。タカラバイオやマクロジェン・ジャパンなどの国内専門企業は、試薬、サービス、および製薬業界向けの次世代シーケンシング支援において、引き続き重要な役割を果たしている。

Illumina Inc.

イルミナ株式会社は、カリフォルニア州サンディエゴに本社を置く次世代シーケンシング・プラットフォームの世界的リーダー、イルミナ社の日本法人です。イルミナ株式会社は、東京に本社を置く現地法人を通じて、病院、製薬企業、CRO、学術機関など、日本最大の次世代シーケンシング導入基盤をサポートしています。

• 製品およびプラットフォームのポートフォリオ：日本におけるイルミナ社のポートフォリオは、NovaSeq X、 NovaSeq 6000、NextSeq 2000、NextSeq 1000、MiSeq、iSeqシーケンシングプラットフォームに加え、ライブラリ調製キット、フローセル、試薬、バイオインフォマティクスプラットフォーム「DRAGEN」、クラウドゲノミクス「Connected Analytics」、および統合型コンパニオン診断ソリューションまで多岐にわたります。
• 最近の動向：2026年2月、イルミナはTruPath Genomeを発売し、NovaSeq Xシリーズの包括的なロードマップを発表しました。 このロードマップには、シーケンス出力の増加、精度の向上（Q70品質スコアまで）、ターンアラウンドタイムの短縮、ワークフローの柔軟性向上といった主要な性能アップグレードが含まれています。これらの進歩により、生産性が大幅に向上し、大規模ゲノム研究のコストが削減されることが期待されています。
• 戦略的焦点：イルミナ株式会社の戦略は、2034年まで、NovaSeq Xの導入基盤の拡大、DRAGEN AIバイオインフォマティクスの採用促進、PMDAの承認プロセスに基づく臨床次世代シーケンシング用途の拡大、およびコンパニオン診断およびトランスレーショナル・ゲノミクス・サービスを通じた日本の製薬企業スポンサーへの支援に重点を置いています。

Thermo Fisher Scientific Inc.

サーモフィッシャーサイエンティフィック社は、ライフサイエンス機器および試薬分野における世界的なリーダーであり、マサチューセッツ州ウォルサムに本社を置き、日本のNGS、qPCR、およびより広範なゲノム解析ワークフローを支援する重要な事業を展開しています。同社は、東京、横浜、大阪にわたり、広範な日本国内の営業および技術サポート体制を構築しています。

• 製品およびプラットフォームのポートフォリオ：日本におけるサーモフィッシャー社の次世代シーケンシング（NGS）ポートフォリオには、Ion Torrentプラットフォームファミリー（Ion GeneStudio S5、Ion Chef）、Oncomineターゲットオンコロジーパネル、AmpliSeqライブラリ調製キット、Applied Biosystemsシーケンシング試薬、および臨床・トランスレーショナルリサーチ用途向けの統合バイオインフォマティクスソリューションが含まれます。
• 最近の動向：2024年、サーモフィッシャーは、Oncomineベースのコンパニオン診断および、国立がんセンター東病院との戦略的提携を含む協業を通じて、オンコロジー分野における次世代シーケンシングの能力を拡大するとともに、Ion Torrent Genexusシステムによる自動化された「サンプル・トゥ・アンサー」ワークフローの推進を進めています。
• 戦略的重点：サーモフィッシャー社の日本における戦略は、ターゲット型臨床次世代シーケンシング分野でのリーダーシップの確立、OncomineおよびAmpliSeqの導入拡大、統合ゲノミクスサービスによる日本の製薬企業およびCROへの支援、そして幅広い試薬および機器ポートフォリオを活用して、2034年まで拡大を続ける日本の次世代シーケンシング市場でシェアを獲得することに重点を置いています。

Pacific Biosciences of California Inc.

Pacific Biosciences of California Inc. (PacBio) は、ロングリードシーケンシング技術のリーダーであり、カリフォルニア州メンローパークに本社を置いている。PacBioのHiFiロングリードシーケンシングプラットフォームは、日本のゲノム研究センターにおいて、構造変異の検出、全長転写産物の特性評価、および複雑なゲノムアセンブリのための基盤的なツールとなっている。

• 製品・プラットフォームのポートフォリオ：PacBioの日本向けポートフォリオには、Revioロングリードシーケンサー、Sequel IIe、Onsoショートリードプラットフォーム、SMRT Cell用消耗品、およびHiFiデータ解析のための統合バイオインフォマティクスツールが含まれます。同社は、直接事業展開に加え、主要な日本の販売・サービスパートナーを通じて、日本の顧客をサポートしています。
• 最近の動向：2025年10月、PacBioは、ゲノムシーケンシングコストを大幅に削減すると同時にマルチオミクス機能を拡張することを目的とした、RevioおよびVegaシーケンシングプラットフォームの大幅なアップグレードを発表しました。 同社は、新開発のSPRQ-Nxシーケンシングケミストリーを導入しました。これは、これまでで最もコスト効率の高いHiFiゲノムシーケンシングを実現するよう設計されており、大規模導入時には1ゲノムあたり300ドルを下回る価格設定が可能となり、ハイスループットユーザーにとっては最大約40%のコスト削減が見込まれます。
• 戦略的重点：PacBioの日本における戦略的重点は、Revio HiFiロングリードの採用拡大、臨床研究用途の深化、構造変異およびメチル化解析機能の拡充、そして2034年まで、高精度のロングリードデータを通じて日本の製薬企業や学術研究グループを支援することにあります。

日本の次世代シーケンシング市場は、高い集中度を示しています。 イルミナ株式会社単独で、2025年の日本の次世代シーケンシング市場収益の50%以上を占めると推定されており、上位5社（イルミナ社、サーモフィッシャーサイエンティフィック社、パシフィック・バイオサイエンシズ・オブ・カリフォルニア社、オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ社、 F. ホフマン・ラ・ロシュ社）のトップ5社が合わせて市場の80％以上を占めると見込まれている。残りのシェアは、MGI Tech、QIAGEN株式会社、タカラバイオ、マクロジェン・ジャパン、および数多くの地域サービス・ソフトウェアプロバイダーに分散している。

市場では、緩やかな集中化が進んでいる。イルミナ社がショートリード分野での圧倒的な主導権を維持する一方、パシフィック・バイオサイエンシズ社とオックスフォード・ナノポア社はロングリード用途でシェアを拡大し続けており、MGIテック社はコスト競争力のあるシステムで勢いを増している。 タカラバイオやマクロジェン・ジャパンといった日本の試薬・サービス専門企業は、国内サプライチェーンにおいて依然として重要な役割を果たしている。M&Aや提携活動により、2034年にかけて競争環境の再編が進む見込みである。

最も成長が著しいサブセグメント

バイオマーカーおよびがん関連アプリケーションは、2034年までのCAGR（年平均成長率）が約26.8％と、最も高い成長率を示すサブセグメントである。これに続き、試薬および消耗品はCAGR約23.4％で成長しており、ライブラリ調製キットやフローセルに対する継続的な需要に支えられている。 創薬および個別化医療は、ロングリードシーケンシング用途と並んで、資本投入における最も勢いのある機会を構成しています。

新興サブ市場

液体生検およびctDNAベースの診断、AI駆動型のバリアント解釈ツール、クラウドベースのゲノミクスプラットフォーム、単一細胞シーケンシング用途、および集団規模のロングリードゲノミクスは、いずれも2034年までトレンドを上回る成長が見込まれる分野です。 日本における「バイオバンク・ジャパン」の拡大と「東北メディカル・メガバンク」は、大規模な集団ゲノミクス構築をさらに後押ししています。

戦略的投資の動向

戦略的資本は、日本の次世代シーケンシング・エコシステムに引き続き流入している。 グローバルなプラットフォームプロバイダーは、日本における商業および技術サポートの拠点を拡大し続けています。国内外のベンチャーキャピタルは、バイオインフォマティクス・スタートアップ、液体生検ベンチャー、AI主導の変異解釈ツールに資金を提供しています。また、日本の製薬企業のコーポレートベンチャー部門も、2034年までNGSを活用したバイオマーカーおよびコンパニオン診断プラットフォームへの共同投資を積極的に行っています。

日本の次世代シーケンシング市場は、2025年の13億2,000万米ドルから2034年には80億2,000万米ドルへと、年平均成長率（CAGR）22.18%で著しい規模拡大が見込まれています。 関東地域は引き続き主導的な地位を維持すると予想される一方、東北および関西地域は、コホートゲノミクスの拡大と製薬企業の研究開発（R&D）の成長を背景にシェアを拡大すると見込まれる。試薬・消耗品、バイオマーカーおよびがん関連アプリケーション、ロングリードシーケンシングは、2034年にかけて市場全体の成長率を上回るペースで拡大すると予測される。

2034年までに、日本の次世代シーケンシング市場は3つの構造的変化によって形作られる見込みである。第一に、国民健康保険制度による償還範囲の拡大に支えられ、包括的なゲノムプロファイリングが日本の主要ながんセンター全体で標準的な治療法となる。第二に、ロングリードシーケンシングとAIを活用した変異解析が、研究用から臨床用ワークフローへと移行する。 第三に、液体生検、微小残存病変のモニタリング、および人口規模のゲノミクスが、全国的に臨床実践と研究の優先順位を徐々に再構築していく。

一次調査

一次調査には、2024年から2025年にかけて実施された構造化インタビューが含まれます。対象は、プラットフォーム提供企業の経営幹部、がんゲノム医療中核病院のゲノム部門責任者、AMED（医療・健康・労働省）のプログラムマネージャー、バイオバンク運営者、製薬企業の研究開発責任者、バイオインフォマティクスサービスプロバイダーなど、日本の次世代シーケンシング（NGS）のステークホルダーです。 これらのインタビューにより、収益規模、セグメンテーションの推定、および導入率のベンチマークが検証された。

二次調査

二次情報源には、AMEDプログラムの刊行物、BioBank Japanの報告書、 厚生労働省のがんゲノム医療フレームワーク文書、PMDAの承認データ、国立がんセンター病院のゲノム医療統計、IQVIA Japanの分析、企業の年次報告書、査読付き日本のゲノム関連文献、および『日経バイオテック』、『GenomeWeb』、『DataCenter Dynamics-Asia』などの業界誌が含まれます。

予測モデル

市場規模の推計および成長予測は、シーケンサーの導入台数の推移、ゲノムあたりのコスト推移、保険償還範囲の拡大、AMEDの資金提供パイプライン、および過去のカテゴリーの推移パターンを組み込んだ、トップダウンおよびボトムアップの予測モデルを組み合わせて導出された。シナリオ分析は、ベースケース、楽観ケース、および保守的なケースについて実施された。

日本次世代シーケンシング市場レポートの調査範囲

ステークホルダーにとっての主なメリット：

• IMARCの業界レポートは、2020年から2034年までの日本の次世代シーケンシング市場について、様々な市場セグメント、過去および現在の市場動向、市場予測、ならびに市場ダイナミクスに関する包括的な定量分析を提供します。
• 本調査レポートは、日本の次世代シーケンシング市場における市場推進要因、課題、および機会に関する最新情報を提供します。
• ポーターの5つの力分析は、新規参入、競合他社との競争、供給者の力、買い手の力、代替品の脅威といった要因が与える影響をステークホルダーが評価する上で役立ちます。これにより、ステークホルダーは日本の次世代シーケンシング業界における競争の激しさやその魅力度を分析することができます。
• 競合環境の分析により、ステークホルダーは自社の競争環境を理解し、市場における主要プレーヤーの現在の位置づけに関する洞察を得ることができます。